
В 1968 году записался в секцию самбо к Анатолию Рахлину, где уже тренировались его старший брат Аркадий и Владимир Путин. В молодости выступал за сборную Ленинграда, был неоднократным призёром чемпионатов СССР и Кубков СССР среди юношей и молодёжи. В 1974 году стал мастером спорта по дзюдо, в 1980 году — мастером спорта по борьбе самбо. В 1978 году окончил Ленинградский институт физической культуры и спорта им. П. Ф. Лесгафта. В 1992 году стал тренером профессионального клуба дзюдо «Чикара» в Хельсинки.
В 2001 году вместе с братом Аркадием Ротенбергом основал СМП Банк («Северный морской путь»). Позже братья получили контроль над частью активов ФГУП «Росспиртпром». В 2008 году Борис вместе с братом приобрёл 10 % акций Новороссийского морского торгового порта, выкупил у «Газпрома» пять строительных подразделений («Волгогаз», «Ленспецстройгаз», «Спецгазремстрой», «Волгограднефтемаш» и «Краснодаргазстрой»), создав корпорацию «Стройгазмонтаж».
Входит в рейтинг "200 богатейших бизнесменов России" журнала Forbes с 2010 года. В 2011 году занимал 170-е место с капиталом в 550 миллионов долларов. В 2017 году занял 94-е место с капиталом в 1 миллиард долларов.
Борис Ротенберг — гражданин Финляндии. 20 марта 2014 года Борис и Аркадий Ротенберги попали под действие экономических санкций, введённых президентом США Бараком Обамой из-за «нарушения суверенитета и территориальной целостности Украины».
Первая жена Ирина Харанен — финская гражданка, генеральный директор фирмы Anirina OY (Хельсинки), управляющий директор фирмы «Николь» (Санкт-Петербург). Двое сыновей от первого брака — Роман и Борис, оба имеют финское гражданство. Роман являлся вице-президентом по маркетингу и развитию бизнеса хоккейного клуба СКА (Санкт-Петербург) с мая 2011 года и первый вице-президент ФХР с декабря 2014 года. Он также владелец 80% акций маркетингового агентства «Телеспорт» (официального партнера РФС), работал в Управлении внешних коммуникаций «Газпром Экспорт». Борис Ротенберг-младший (1986 года рождения) — футболист.
22 февраля 2022 года было объявлено о введении Великобританией персональных санкций против Бориса Ротенберга, включающих заморозку его активов и запрет на въезд в страну, так как он имеет тесные личные связи c Владимиром Путиным. 3 марта 2022 года Бориса Ротенберг и его семья, а именно жена Карины и сыновья Роман и Борис, были включены в санкционный список США «российских олигархов, способствующих войне Путина». 8 апреля 2022 года страны Евросоюза ввели санкции против Бориса Ротенберга.
По данным «Новой газеты» и «Трансперенси интернешнл — Россия», Ротенбергу и его супруге принадлежат квартира и виллы в США, общей стоимостью около 4,5 миллиона долларов, заблокированные из-за персональных санкций США против Ротенберга.
Вторая жена — Карина Ротенберг (1979 года рождения). Является матерью близнецов Дани и Софии, а также Леоны. Увлекается лошадьми и помощью бродячим собакам, является главой Федерации конного спорта Москвы.